Après le combat de Mitsuki et Boruto, ce dernier est d'autant plus déterminé à ramener son meilleur ami à Konoha. Persuadé qu'un grave danger se tram, Boruto et ses amis se dirigent vers Iwa pour tenter de retrouver leur camarade. Les mystères sur les Shinobi d'Iwa commencent peu à peu à se dissiper avec la rencontre de leur maître, un dénommé Kû, avec qui le vieil Ônoki semble être lié. Une grande bataille se prépare et Mitsuki semble avoir un rôle capital à jouer. L'ancien Tsuchikage semble rongé par les fantômes du passé et Mitsuki avoir trouvé de nouveaux amis, quel camp choisiront-t-ils lors de cet ultime affront ?